Најзначајните проблеми со човековите права во Македонија произлегуваат од сеприсутната корупција и од неуспехот на владата целосно да го почитува владеењето на правото, вклучително и постојаните напори за ограничување на слободата на медиумите, мешањето во судството, попречувањето на работата на Специјалното јавно обвинителство, како и селективното спроведување на правдата, се наведува во делот за Македонија од извештајот за човекови права во 2016 што денеска го објави американскиот Стејт департмент. Во извештајот се наведува дека судскиот систем во Македонија го карактеризираат политички мешања, неефикасност, фаворизирање на добро позиционираните личности, пролонгирани процеси, кршење на правото на јавно судење и корупцијата.
„Пријавени се и физичко малтретирање притвореници и затвореници од страна на полицијата и затворските чувари, лоши услови и пренатрупаност во некои од затворите и психијатриските установи, одложен пристап до правна помош за притворениците и обвинетите, ограничување на правото на Ромите да ја напуштат земјата и да ги добијат уставно гарантираните здравствени, особено гинеколошки услуги, ограничување на пристапот до азил, намалена превенција и заштита на жртвите од трговија со луѓе, семејно насилство кон жените и децата, дискриминација на луѓето со попречености, институционална и социјална дискриминација на Ромите и другите етнички малцинска и на ЛГБТИ луѓето, како и детски труд, вклучувајќи и принудно питачење“, се наведува во извештајот.
Стејт департментот исто така наведува дека владата презела ограничени чекори во истражување, процесирање и казнување на официјалните претставници кои направиле прекршувања, вклучително и полициските службеници виновни за прекумерна употреба на сила, но неказнивоста продолжува да биде широко распространет проблем.